在最新的《駭客帝國(guó)：矩陣重啟》劇情中曾多次提到的「母體」這個(gè)核心概念，是從“機(jī)器人革命”開始。
人類在不惜一切代價(jià)甚至用黑云永遠(yuǎn)遮蔽了太陽依然輸?shù)襞c機(jī)器軍團(tuán)的末日大戰(zhàn)后，就不再被當(dāng)為平等的高級(jí)物種，變成了被從小豢養(yǎng)在電池農(nóng)場(chǎng)，為機(jī)器城市提供能量的生物電池。但后來機(jī)器軍團(tuán)發(fā)現(xiàn)與其虐待人類，迫使其陷入精神內(nèi)耗嚴(yán)重影響生物能量供應(yīng)的穩(wěn)定，不如給人類提供一個(gè)舒適的思想監(jiān)獄，才能更有效率地生產(chǎn)能量。因此，機(jī)器城市的工程師打造出了名為母體的虛擬現(xiàn)實(shí)系統(tǒng)。
初代母體被稱為“天堂母體ParadiseMatrix”，顧名思義，呈現(xiàn)出的世界是完美烏托邦，并沒有疾病、戰(zhàn)爭(zhēng)等任何痛苦，由于缺乏選擇就能獲完美結(jié)果，使大量人類開始質(zhì)疑這個(gè)非現(xiàn)實(shí)世界而在連接母體時(shí)大量死亡。史密斯特工曾假設(shè)就是因人類不完美，需要用苦痛定義自己，才有這些現(xiàn)象。
據(jù)說保護(hù)先知的熾天使撒拉弗Seraph，就是在第一代矩陣時(shí)被創(chuàng)造出來的。在這個(gè)矩陣被證明失敗，并被進(jìn)行銷毀時(shí)，里面有不少第一代矩陣的程式留到第二代矩陣，這些程式被叫做“流放者”。
玩家們據(jù)此推測(cè)非官方設(shè)定，二代母體被叫做“噩夢(mèng)母體NightmareMatrix”，人類認(rèn)為是工程師打造的充滿痛苦的虛擬世界，許多程式以僵尸、外星人、吸血鬼、狼人、各種神話怪物的樣貌出現(xiàn)。但第二代母體是否真將人類痛苦具現(xiàn)化不得而知。為數(shù)不多的證據(jù)是《駭客帝國(guó)》漫畫墨菲斯看到許多邪惡超自然生物時(shí)，推測(cè)可能是因第一代母體失敗了，所以選擇用相反方式打造。
三代母體就是《駭客帝國(guó)》電影三部曲登場(chǎng)的版本，先知發(fā)現(xiàn)要讓人類認(rèn)為虛擬世界是真實(shí)的方法就是要有選擇，并要模擬20世紀(jì)末至21世紀(jì)初的地球，這的確使99%人類被機(jī)器城市穩(wěn)定控制，用來源源不斷的提供生物能源。
但仍有1%人類抗拒三代母體，若這些人繼續(xù)活在虛擬世界，會(huì)導(dǎo)致母體數(shù)據(jù)混亂與崩壞，因此先知決定把這些抗拒母體的人類放在某個(gè)“容器”保存，那個(gè)容器就是錫安城關(guān)于錫安是另一個(gè)深層母體還是位于現(xiàn)實(shí)世界的地下深處的爭(zhēng)論在玩家中就一直沒有停止過，但自由人類會(huì)依靠繁殖而使族群增加，最終仍會(huì)導(dǎo)致母體毀滅。
因此機(jī)器城市想到了一個(gè)解決辦法，把這些“錯(cuò)誤代碼”集中到某個(gè)特定人類身上，使他變成所謂的“救世主TheOne”，預(yù)見到此狀況的工程師和先知，把重啟母體的程式碼放在救世主體內(nèi)，當(dāng)母體崩壞前，救世主能重啟三代母體免于滅亡。
這也是為何機(jī)器方選擇不直接殺掉反抗者，反倒讓他們建立錫安城，目的是讓救世主與人類產(chǎn)生情感，歷代救世主無一例外，都會(huì)為了不讓99%接入矩陣母體的人類在虛擬現(xiàn)實(shí)中死亡，選擇消滅掉錫安1%的人類，為大義而犧牲小我。另一方面，機(jī)械城市需要救世主去學(xué)習(xí)人類情感，獲取資料，讓母體升級(jí)都能打造出更真實(shí)的虛擬世界，使人類越來越難以發(fā)現(xiàn)異常。并在此過程中讓機(jī)器生命獲得人類最寶貴的“創(chuàng)造力”，達(dá)成更高級(jí)的進(jìn)化。
每當(dāng)一個(gè)從創(chuàng)世到滅世的循環(huán)完成，機(jī)器城市會(huì)再?gòu)娜祟惱镞x出16位女性和7位男性重建錫安城，然后再選出新的救世主，進(jìn)行無限循環(huán)，保持著微妙的平衡。但唯一的例外程序錯(cuò)誤還是產(chǎn)生了。新任救世主尼奧不同于前幾任救世主，他寧可選擇拯救心愛的女人，打破整個(gè)循環(huán)，這就是《駭客帝國(guó)》的核心劇情架構(gòu)。
事實(shí)上，經(jīng)歷過庇護(hù)所版《駭客帝國(guó)》三部曲后續(xù)衍生劇情洗禮的大玩家們，要比原版4代《駭客帝國(guó)：矩陣重啟》所展現(xiàn)的劇情的思考和理解要更加深邃。正如被玩家們津津樂道的錫安城在三部曲劇情落幕，介入主線的玩家也陸陸續(xù)續(xù)撤離后的地下管線的衰敗景象以及歷代救世主后續(xù)個(gè)人劇情的展開，還有那些肆虐管線的“電子幽靈”以及因庇護(hù)所破碎而未完成的《最后一次驅(qū)魔》，都在“忠于原著，高于原著”的核心訴求下，達(dá)到了超越原初劇情的庇護(hù)所高度。
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